民航运输学院秉持“依托行业、培养以能力本位的民航运输人才”的建设理念，加强学生“专业知识、IT知识、管理知识”三类复合知识，“职业技能、服务能力、创新思维”三类专业能力和“安全意识、服务意识、民航精神”三类职业素养的综合素质培养。学院同时结合上海航空枢纽港建设和航空运输业高速发展的市场需求，围绕专业人才培养目标和毕业生规格，提升现有专业内涵，努力提高教学质量。此外学院聚焦“智慧民航”对目标岗位的新要求，使专业设置与行业需求无缝对接，人才培养目标与岗位技能要求零距离吻合，充分发挥行业院校的主体作用，为民航与区域经济发展提供高素质技术技能型人才。
在专业建设和师资队伍方面，民航运输学院开设有民航运输服务、航空物流管理、民航运输服务（民航电子商务专业）三个专业，下设有民航商务教研室、航空物流教研室、运输实训教研室和学生工作办公室，三个专业相互依托构建成为民航运输服务专业群。2022年民航运输专业群获批成为上海市高水平专业群。目前学院建有2门市级精品课程，10门院级精品课程。现有教职工49人，其中专任教师31人，专职辅导员9人；教师职称结构合理，教授2人，副教授8人，高级工程师与高级经济师各1人，讲师18人，硕士以上学历占比达90%。学院近80%教师拥有“双师型”证书，不仅具有较高的理论水平还拥有丰富的民航岗位实践经验。6位教师具有民航局职业技能考评员的资质;12位教师拥有中国航协销售代理培训教员资质;4位教师拥有国际航协培训教员资质;6位教师拥有民航局运输司危险品培训教员资质。民航运输服务专业教学团队获“上海市高职高专市级教学团队”荣誉称号,民航商务教研室获“全国民航优秀示范班组”称号。
在人才培养模式方面，学院大力推进校企合作办学，在教学中积极推行“1+X”资格证书的课证融通工作，将技能等级标准融入课程体系中，使学院办学依托行业、贴近企业、结合产业。学院与东航、国航、南航、上海机场集团、春秋、吉祥、东航物流公司等多个单位建立了良好的业务关系。在实训建设方面，学院现有模拟离港大厅、航空模拟货站、航空地面保障、航空综合物流等硬件设备及覆盖行业的各类系统软件操作系统实训，还配备职业形象塑造专业实训室。2021年民航运输虚拟仿真实验室获批上海市市级虚拟仿真实训基地，目前在建将近4000平方米的专业教学实训大楼包含波音737-800F全尺寸货机装卸训练平台、智慧物流仓储系统及电商实战平台以全面整合和提升实训实验设施，打造融实训教学、技能大赛、综合演练和岗位技能鉴定考核为一体的产教融合型示范实训基地。历年来学院建设得到民航总局和上海市教委各类专项资金的大力支持，有力地保障了学院教学质量逐年提高和人才培养全面开展。
在办学成效方面，近年来学院办学质量逐年提升得到广泛认可，已获上海市优秀教学成果奖一等奖1项，民航局优秀教学成果三等奖2项，上海市青年教师教学能力竞赛三等奖1项。教师指导学生获得第一届上海市行业分析大赛三等奖、第九届中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛上海赛区铜奖、“知行杯”上海市大学生社会实践大赛高职组二等奖等荣誉。
学院对学生实行准军事化管理，配备春秋两季校服。注重学生社团和校园文化建设，通过举办丰富多彩的校园文化活动、组织各级各类竞赛，丰富学生的课外生活，营造良好的育人氛围。
